厦门市疾病预防控制中心于2004年7月5日成立了工会，下设13个工会小组，并于2008年12月成立了妇女委员会。自成立以来，中心工会始终坚持高起点、高水平的原则，在中心党总支的带领下，促进了中心各项工作的开展，增强了全体职工的凝聚力。

中心工会始终坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻党的十六大和十七大精神，深入贯彻执行科学发展观，坚持以人为本，紧密结合疾控工作实际和行业特点，始终把最大限度地调动和发挥广大职工的主动性、积极性、创造性作为工会工作的出发点和落脚点，认真抓好工会工作和文明创建工作，积极履行工会基本职责，不断加强自身建设，保障职工民主权力，切实维护职工的合法权益，努力做到贴近中心、服务大局，贴近职工、发挥作用，多办实事，突破重点、展现亮点，促进整体工作水平不断提高，为中心的改革、建设与发展，构建和谐疾控发挥了突出作用。 2008年获得厦门市总工会五一劳动奖状，2008年12月通过福建省“创文明行业 建和谐海西”文明示范点考核验收，2009年1月通过了福建省创文明行业先进单位考评。中心工会先后被授予“工会先进单位”、“工人先锋号”等荣誉称号。